刑诉法在取消了检察机关原免予起诉权的同时，扩大了不起诉的范围，赋予了检察机关一定的自由裁量权，体现了起诉法定主义与起诉便宜主义的有机结合。在扩大不起诉的同时，又充分保护被害人的权利，相应扩大了自诉案件的范围，提高了被害人的诉讼地位，规定了被害人在一定条件下对于检察机关作出不起诉决定的公诉案件可以提起自诉，一旦法院受理，公诉案件就转化为自诉案件。
司法实践中，检察机关在办理各类刑事案件时，会有对共同犯罪案件中的各犯罪嫌疑人分别作出提起公诉或不起诉决定的情况，即检察院在二人以上的共同犯罪案件中，对其中部分犯罪嫌疑人作出不起诉决定，而对其他的犯罪嫌疑人则依法提起公诉。在这种情况下，该共同犯罪案件的被害人就有可能对被不起诉人向人民法院提起自诉。这时，检察机关的公诉与被害人的自诉同时并存，在实践中可能会引起法院的刑事审判工作的混乱。那么我们该如何来处理呢？
我国宪法、人民检察院组织法、刑事诉讼法规定了人民检察院依照法律的规定独立行使检察权，不受行政机关，社会团体和个人的干涉。不起诉权是公诉权的组成部分，更是检察权的重要组成部分。检察机关所作出的不起诉决定，具有认定犯罪事实的成立和终止刑事诉讼程序的法律效力。另一方面，刑诉法第145条规定被害人对人民检察院不起诉决定不服可向人民法院起诉，即在有被害人的不起诉案件（当然包括了共同犯罪案件）中，被害人对不起诉决定不服，可以申诉，或直接向人同法院起诉。如果在共同犯罪案件中，被害人向法院自诉的行为，将影响检察机关行使不起诉权的权威性和强制性；而被害人的合法权益不能被忽视。
因此，检察机关对于有被害人的案件有适用相对不起诉和存疑不起诉时，应当本着少用、慎用的原则，严格依照法律的规定去做。对存疑不起诉的，检察机关必须按照刑诉法第140条的规定去执行，严格掌握补充侦查次数和时限，同时对公安机关的补充侦查情况依法进行监督；检察机关也可以自行侦查。对于相对不起诉，在司法实践中必须在犯罪嫌疑人犯罪情节轻微的前提下才能适用不起诉决定。在适用不起诉决定时，要根据犯罪嫌疑人的年龄、动机和目的、手段、危害结果等情况以及犯罪嫌疑人的一贯表现进行综合考虑，在认为确实没有追诉必要时，才适用不起诉决定，严格控制不起诉范围，从而保证做到不使应当定罪量刑的犯罪嫌疑人得不到追究。
从被害人的角度，要平衡保护被害人的合法权益与维护检察权的权威的关系，笔者认为，应在法律中明确规定，对共同犯罪案件中部分犯罪嫌疑人作出不起诉决定的，如果被害人不服，只允许其在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求依法提起公诉，而不是随时都可向人民法院起诉。上一级检察院经过复查，认为下级检察院作出的不起诉决定正确，应依法维持；认为作出的不起诉决定错误，应撤销原决定，建议追诉。另外，即使是维持不起诉决定，也不影响被害人依民事诉讼程序向人民法院提起民事诉讼，请求法院保护自己的合法权益。
陈娅李文生